基本分析： 1. 基因组学相关分析 1) 序列拼接，BAC及中小基因组组装。 2) 序列比对，同源性搜索。 3) 多序列全局比对，同源进化树构建。 4) EST的基因组定位，可变剪切形式确定 。 5) Promoters预测与查找，CpG岛，调控元件等。 6) 重复序列注释：SSR,STR,LINE,SINE,Transposons等。 7) 基因预测及基因结构分析：真核，原核，mRNA/cDNA编码区预测。 8) Non-Coding RNA的预测与注释： tRNA预测及二级结构分析 rRNA预测 MiRNA预测及结合靶点预测 soRNA预测及甲基化位点预测 9) SNP分析。 10) 分子进化相关分析：分歧年代，进化树，进化压力（Ka,Ks）。 11) EST序列/一般序列分析 序列基本分析：去除载体，污染，聚类，拼接 表达谱分析：特异表达基因，共调控基因 Unigene的功能注释及分类（见下面基因注释及功能分类） 基于EST的SNP分析 12) 基因的功能注释及分类 NCBI非冗余核酸库（NT） NCBI非冗余蛋白库（NR） SwissProt蛋白数据库 Kegg Pathway数据库 COG/KOG蛋白家族数据库 Interpro&GO蛋白功能位点和结构域（domain）数据库 2. 蛋白质组学相关分析 1) 蛋白质亲/疏水性、等电点、抗原性分析及跨膜蛋白，信号肽等性质分析和相似性分析 2) 蛋白级/三级结构预测 3. Microarray/Biochio生物芯片数据分析 1) 对基因芯片的表达谱数据进行预处理与归一化分析 2) 使用多种统计方法筛选具有显著性差异表达的基因 3) 对差异表达基因数据进行多种聚类分析，并给出树状图 4) 结合基因GO分类(gene ontology)、信号转导数据库（KEGG），进行相关路径分析、差异表达基因的功能分类、所属信号通路分类等 4. 引物/探针设计 1) 核酸引物、PCR引物、测序引物及杂交探针的设计与评价 2) 用于细菌种属分类的杂交探针设计 3) 用于SNP检测的探针设计 4) 芯片的olgio设计